در اين زمان پطريارخ ايران خننا نيشو دوم مقر و مركز مسيحيت را به بغداد منتقل كرد. در اواخر دوره عباسي ممنوعيت براي ساختن كليسا برداشته شد و بنابراين كليساهاي بزرگ ساخته شد، روي همرفته رابطه مسلمانان و مسيحيان در زمان خلفاي عباسي بسيار دوستانه بود و مسيحيان در ميان مردم خيلي مورد احترام بودند. در اوايل قرن هفتم اسقف اعظم مرو بنام تيموتاوس كاتوليكوس در رساله اي نوشت كه رهبانان مسيحي فقط با يك عصا و توشه دان به مسافرتهاي بشارتي مي روند و پادشاها تركها با تمام رعاياي خود از بت پرستي دست كشيده و مسيحي شده و از تيموتاوس خواسته كه يكنفر اسقف اعظم به مرو بفرستد. اين پادشاه توسط الياس اسقف اعظم تعميد گرفته بود. يكي از مورخين مي نويسد كه تيموتاوس 80 نفر راهب را براي بشارت انجيل در بين بت پرستان انتخاب كرد و آنان را به نقاط دور دست آسيا مثل چين و هندوستان روانه كرد. همين مورخ مي نويسد شبله ليشوع اسقف اعظم مازندران يكي از مأمورين تيموتاوس كاتوليكوس بشهرها و روستاهاي زيادي رفته بمردم موعظه مي كرد و بسياري را تعميد داد و آنانرا در زندگاني روحاني ترقي داد. نمازخانه هاي متعددي بنا كرد و كشيشان و شماساني براي هر كليسا تعيين كرد و خودش بدورترين نقاط مشرق زمين رفت.
بعد از چندين قرن در سال 1625 ميلادي لوح سنگي در چين كشف شد كه روي آن بزبان سرياني شرحي مربوط به رفتن مبشرين ايراني مسيحي به چين نوشته شده بود. اين لوح در سال 781 ميلادي بر پا شده و روي ان چنين نوشته شده است: مارجاز بوزيد كشيش بلخ اين لوح را برپا داشت، بر روي اين لوح در باره كفاره نجات دهنده ما و وعظ پدران ما به پادشاهان چين نوشته شده. از اين لوح و شواهد ديگر بطور قطع ثابت شده كه مبشرين ايراني كليساي بزرگي در چين تأسيس كردند. در سال 745 ميلادي پادشاه چين كه يوين تسانگ نام داشت فرماني صادر كرد كه بموجب آن مسيحيان در بناي نمازخانه آزاد باشند. مسيحيان اجازه يافتند كه كليسائي هم در پايتخت چين برپا كنند. چيني ها اين كليساها را معابد ايراني ميناميدند. انجيل توسط ايرانيان مسيحي به ژاپن هم برده شد و نوشته شده كه يك صليب ايراني در قرن هشتم پادشاه ژاپن را مسيحي كرد.
با وجود آزادي مسيحيان براي بناي نمازخانه ها و رابطه دوستانه مسلمانان و مسيحيان در زمان خلفاي عباسي قانون دولت اسلامي اقليتها را بعد از مسلمانان قرار مي داد.
در اين زمان عده زيادي از ايرانيان كه اسلام آورده بودند از رفتار خشن مسلمانان بتنگ آمده و به كليساها رو مي آوردند ولي كليساها آنها را تشويق نمي كردند چون هر كه مسيحي مي شد از نظر دولت وقت ايراني نبود. ولي كشيشاني كه خيلي روح بشارت داشتند و نمي توانستند ساكت بمانند فعاليت خودشان را بمرزهاي شرقي كشور بردند و با استقبال فراواني روبرو شدند.
يكي از علل مهم تقليل يافتن عده مسيحيان درايران و آسياي غربي مهاجرت عده زيادي از آنان به امپراطوري روم شرقي بود. مهاجرت مسيحيان بقدري زياد بود كه امپراطور روم تئوفيلوس قانوني گذارد كه بنا بر آن ازدواج ايراني با رومي آزاد گرديد و از حقوق ملي و امتيازات مخصوص امپراطوري پس از ازدواج مي توانست برخوردار شوند. ( 829- 842 ميلادي)