بيشتر جفاها از زمان تسلط اعراب و خلفاي اسلامي تقصير خود مسيحيان بود و از نزاعهاي داخلي خودشان سرچشمه مي گرفت. ولي گاه به گاه خلفا دست به جفاي مسيحيان مي زدند. مثلاً عمر دوم فرمان داد كليساهاي نوبنياد تماماً خراب گردد يا خليفه القادر بالله بقدري محدوديت به مسيحيان تحميل كرد كه بصورت جفا درآمد. مثلاً آنها را مجبور مي كرد لباس مخصوص بپوشند يا سوار قاطر و الاغ شوند و سوار اسب نشوند. يا غلام زرخريد نداشته باشند ولي در حكومتهاي اسلامي هرگز جفا بشدت جفا در زمان ساسانيان نرسيد.
در زمان مغولها، زمان سلطنت غازاخان جفاي سختي آغاز شد. فرمان خراب كردن كليساها صادر شد. نماز و عشاء رباني قدغن شد. سرائيدن سرود و بصدا درآوردن ناقوس همگي ممنوع شد و سران مسيحيت و يهود همه كشته شدند و مسيحيان اجازه نداشتند بدون بستن زنار خارج شوند….
مأمورين خراب كردن كليساها حاضر بودند رشوه بگيرند و كليساها را خراب نكنند ولي اسقف اعظم تبريز چنان بخود مشغول بود كه امور كليسا را از ياد برده بود.بنابر اين به مردم دستور داده شد كه بريزند و كليساها را خراب كنند.در نقاط ديگر مسيحيان پولهاي هنگفت دادند و از خرابي كليساها جلوگيري كردند ولي در عوض بسيار فقير شدند. كاتوليكوس نستوري مراغه مورد شكنجه قرار گرفت و كشيشها كشته شدند.
جفا به كليساها و مسيحيان مرسلين از سال 1621 با تحريكات از طرف انگليسي ها شروع شد. آنها مي خواستند پرتقاليها را از جزيره هرمز بيرون كنند و اينكار را هم كردند. جزيره هرمز كه مدتها مركز انتشار مسيحيت و سكونت بيشتر از مرسلين كاتوليك بود از دست آنها خارج شد. سال 1621 سال سختي براي مبشرين و براي ارامنه بود. ميسيونرهاي كاتوليك جزيره هرمز، به تحريكات انگليسيها مورد سوء ظن قرار گرفتند و در سال 1621 ايرانيها با كمك انگليسيها قصر اصلي جزيره هرمز را بتصرف درآوردند و كاتوليكها را بيرون كردند و تمام مرسلين به مسقط در هندوستان فرار كردند.كليساها و ديرها خراب شد و فقط يك زنگ كليساي كارملايت به شيراز فرستاده شد و در اين زمان بود كه 5 نفر از مسيحيان شهيد شدند و بطرز فجيحي شكنجه گرديدند. باغبان ميسيون كارملايتها كه مسيحي شده بود با برادر زنش و سه نفر ديگر حامل نامه اي بودند كه در آن از خطر جفاي مسيحيان در جزيره هرمز را به بقيه مسيحيان خبر مي داد. وقتي آنها از شراز عبور مي كردند يك نفر انگليسي به آنها مشكوك شد، آنها را توقيف كردند و تحويل خان شيراز دادند. او نامه ها را از آنها گرفت و بعد از چند روز گرسنگي و تشنگي آنهارا فرا خواند و مجبور كرد كه مسيحيت را انكار كنند ولي هيچكدام حاضر نشدند. بنابراين چاسادار باغبان ميسيون كاتوليك را در ملاء عام شكم دريدند و روده هاي او را بيرون آوردند و همراه او الي ( Elie) را در پوس الاغ كردند و روي ستون چوب ميخ كوب كردند و گذاشتند تا بميرد و تمام مسيحياني كه در نامه ها اسامي آنها بود بحضور شاه احضار شدند. آنها به ايمانشان به مسيح اقرار كردند و فوراً سنگسار شدند و بعد بدن آنها را سوزانيدند. زندگي براي مسيحيان خيلي تلخ و ناراحت كننده بود ولي يكي از روحانيون به نام پدر جان تادئوس مي نويسد: با اينكه جزيره هرمز را از ما گرفته اند و ما از همه لحاظ تحت فشار و ناراحتي ها هستيم ولي شجاعت اخلاقي و مردانگي و ايمان را از دست نداده ايم و ما تازه شروع كرده ايم شاگران حقيقي مسيح باشيم.
در سال 1623 مسيحيان موفق شدند در شيراز در جاده لاز يك خانه براي مرسلين بسازند و تا سال 1656 در آنجا ماندند. مردم شهر آنها را خوش آمد گفتند و اغلب براي زيارت به آن كليسا مي رفتند. در سالهاي 1676 تا 1677 بالاخره ميسيون آگوستين از اصفهان بكلي برچيده شد و در حدود صد سال نفوذ پرتقاليها پايان پذيرفت.
در سال 1628 نمايندگان يك مملكت ديگر اروپايي روانه ايران شدند و ايندفعه مرسلين از مملكت فرانسه بودند. آنها گروه كاپوشن اردر بودند و كمافي السابق مثل ساير مرسلين دو سمت داشتندهم ديپلمات بودند و هم مبشر.در همانسال يك ماشيل چاپ به ايران فرستاده شد ولي چون اسلام اصولاً با چاپ مخالف بود بكار نيفتاد ولي بالاخره ارمنيان جلفا اولين كساني بودند كه استعمال چاپ را در خاور ميانه رواج دادند.
متأسفانه شاه عباس قبل از مرگش يك اعلاميه صادر كرد كه بكلي سرنوشت مسيحيان را تيره و خراب كرد و همه آنان را بزحمت انداخت. متن اعلاميه شاه عباس اين بود: هر مسيحي ككه مسلمان شود مي تواند املاك و اموال بستگان مسيحي خود را تا پشت هفتم قبل از خودش به تصرف و تملك خود آورد. ( بعداً از 7 پشت به 4 پشت تبديل شد)
به موجب اين اعلاميه تا سال 1654 ميلادي در حدود 50000 نفر از مسيحيان مسلمان شدند تا مالك اموال و املاك بستگان خود گردند، البته اين عده كمتر از ارامنه بودند.
جانشين شاه عباس شاه صفي بود كه سعي كرد با مسيحيان كنار بيايد و بهتر رفتار كند. رويهمرفته وضع مسيحيان در زمان سلطنت او بهتر بود.
جانشين شاه صفي شاه عباس دوم بود كه در 9 سالگي به سلطنت رسيد و با اينكه رابطه او با ممالك خارجي زياد خود نبود با تركها براي دشمني و آزار و اذيت مسيحيان همدست شد و مرسلين مسيحي در زمان او خيلي در زحمت بودند. از طرف ديگر ارامنه جلفا زياد مرسلين را آزار و اذيت مي كردند و براي آنها كارشكني نموده و از شاه خواستند كه همه مرسلين خارجي را بيرون كنند و براي مدتي هم عده زيادي از آنها جلفا را ترك كردند.
جانشين شاه عباس دوم شاه سليمان بود. در زمان او در سال 1666 هرج و مرج و بينظمي و بي قانوني درهمه جا حكمفرما بود. شاه هميشه مست بود و اصلاً بكار مملكت نمي رسيد و همه چيز، راه را براي آزار و اذيت مسيحيان باز كرده بود. يك ميسيونر نوشت: اين زمان امنيت اصلاً وجود ندارد. قبايل و راهزنان جان مسافران را تهديد مي كنند. بچه ها در خيابانها پشت سر مرسلين مي دوند و فرياد مي كنند: اي سگ مسلمان شو، لعنت بر فرنگي!
تقاضاي آزار و اذيت اقليتهاي مذهبي به منتها درجه رسيد. هزاران نفر از يهوديان كشته شدند. تمام اموال ارامنه را از آنها گرفتند و آنها را تهديد مي كردند كه دسته دسته جمعي كشته خواهند شد اگر هر چه دارند تحويل مسلمانان ندهند. بچه ها را به غلامي مي بردند يا با مبلغ بسيار كمي مي فروختند و دختران جوان را به حرم شاه مي بردند و بعد آنها را مجبور مي كردند كه به عقد مسلمانان درآيند و اگر چيزي از منسوبين مسيحي آنها باقيمانده بود تصرف مي كردند.
پايان سلطنت صفوي با جانشين شاه سليمان يعني شاه سلطان حسين بزودي سر رسيد. او مجبور شد شخصاً سلطنت را به محمود افغان تفويض كند و در اين سالها تركها هم از ضعف ايران سوء استفاده كردند و قسمت غربي ايران را تا همدان بتصرف آوردند و مدت 8 سال در اختيار آنها بود و اين آشوب و هرج و مرج مانع بزرگي براي كار مبشرين مسيحي بود.
خوشبختانه دوره حكومت افغانها كوتاه بود و بزودي قهرمان دليري بپا خاست و زمام امور كشور ايران را بدست گرفت. او نادر شاه افشار بود. او بيشتر وقت خود را در جنگ با خارجيان بود ولي در سال 1740 دستور داد كه عهد عتيق را يهوديان و انجيل را مسيحيان و قرآن را مسلمانان به فارسي ترجمه كنند. (كاتوليكها فقط 4 انجيل را ترجمه كردند و ارامنه بقيه عهد جيد را) و اينكار بايد در مدت 6 ماه به انجام مي رسيد. البته در چنين وقت كمي نتيجه كار خيلي خوب نبود ولي بهر حال دستور نادرشاه انجام شد و بعد از 6 ماه ترجمه هاي تكميل شده را مترجمين به قزوين بردند كه مؤدبانه تقديم شاه كنند. يك شاهد عيني اينطور نوشته است:
در روز موعود همه مترجمين كه وارد شدند جلوي درب باغ قصر شاه متوقف شدند تا يكي يكي وارد شوند. ناظرين با كمال وحشت و تعجب ديدند كه يكي يكي با افسار بگردنشان بحضور شاه مي رسند و خفه كرده آنها را كشان كشان مثل حيوانات بيرون مي كنند. اين منظره ترسناك يك ساعت طول كشيد و 18 نفر را خفه شده بيرون آوردند. دو نفر پدر روحاني كه آنجا ايستاده بودند مطمئن شدند كه وقت شهادت آنها در راه مسيح رسيده و تاج افتخار را بزودي دريافت مي كنند و هر كدام از آنها مي خواست زودتر به اين افتخار برسد. وقتي بحضور شاه رسيدند ترجمه ها را تقديم كردند و با كمال تعجب نادر شاه به آنها صد تومان داد كه با هم قسمت كنند.
تا مدتي بعد از اين واقعه يعني تا سال 1754 مرسلين مسيحي و ارامنه تا اندازه اي در صلح و صفا و راحتي بودند. در اين سال نادرشاه اولين سفر تاريخي اش را به اصفهان بعد از تاجگذارييش انجام داد. دراين موقع بود كه او واقعاً مبتلا به جنون عجيب خودبزرگ پنداري و حرص و ولع گرفتار شده بود. و با بيرحمي و وحشيگري بجان ارامنه افتاد و تمام دارائي آنها را گرفت و سال بعد هم همين كار را تكرار كرد. متأسفانه بيرحمي و ظلم و آزار و اذيت او فقط متوجه مسيحيان نشد بلكه با ساير اهالي مملكت و مسلمانان نيز همين كار را كرد و بقدري مورد نفرت مردم قرار گرفت كه در سال 1747 بوسيله گارد شخصي خود ش كشته شد. يكي از روحانيون در اين مورد نوشته است: علت كشته شدن نادر ظلم و جوري بود كه در سالهاي آخر زندگيش هوس كرده بود به منتهاي درجه برساند.
با مرگ نادر شاه صلح و آرامش مملكت از بين رفت. مسيونهاي كاتوليك قادر به ادامه كار نبودند. بعضي از پدران روحاني به خدمت و كار خودشان ادامه دادند ولي از طرف كليساي روم پشتيباني و حمايت نمي شدند. در سال 1753 آزاد خان وارد اصفهان شد و لشگرهاي او ديرهاي مسيحيان را بتصرف در آوردند و اسبهايش را در داخل كليساها جا دادند.قبايل لر و بختياري اغلب در شهرها تاخت و تاز مي كردند و خانه اسقف را در همدان كاملاً خراب كردند. يكصد هزار ايراني و بيشتر ارامنه جلفا به بغداد پناه بردند. اصفهان كه يكوقت 250000 نفر جمعيت داشت خلوت شد و فقط در حدود 50000 نفر سكنه پيدا كرد و هر قسمت مملكت در دست يك نفر و يك قبيله بود. كشمكش و جنگ و نفاق بزرگي بين جانشينان نادر در گرفت. طايفه قاجار و زند با هم درگير بودند تا بالاخره كريم خان زند كه يكي زا سرداران سپاه نادرشاه بود بقدرت رسيد. در مدت سي سال سلطنت او كشور ايران كه از جنگ و كشتار خسته شده بود دوراني از صلح و وفور نعمت و آزادي را تحت پيشوايي اين مرد قوي و نجيب و مهربان گذراند. كريمخان عنوان شاه را قبول نكرد و خود را وكيل الرعايا ناميد.
بعد از مرگ كريمخان نوه او لطف عليخان زند مدت كوتاهي حكومت كرد ولي از دشمن سرسخت طايفه زنديه يعني آقامحمد خان قاجار شكست خورد و كشته شد.
در اين زمان كليساي نستوري ايران كه مدت 150 سال بعد از حمله تيمور لنگ ادامه داشت بتدريج رو به ضعف گذاشت و دواير اسقفي يكي يكي تعطيل شد و قفط درشمال غربي ايران كليساها باقي ماندند. عدم توجه به زندگاني روحاني و كار روح القدس و پيشرفت اخلاقي و دلبستگي بقواي ديني سبب شد كه كليسا در ايران درست ريشه نگيرد و اين شكست تا اندازه اي نتيجه اش روش كار مرسلين بود. كليساي مسيح كه روزي عظمت و نفوذ فراوان داشت كيفيت روحاني و معنويت عميق خود را از دست داد. روي هم رفته چند علت باعث ضعف كليساي ايران شد: اول غيرت كليساهاي آن زمان از روي فهم نبود، حاضر بودند هرگونه سختي و ناملايمات را در سفرهاي بشارتي تحمل كنند اما نه از روي زهد و تقوي، دوم رهبران مسيحي فاقد زندگي مسيحيايي بودند و شخصيت عيسي مسيح را نمي شناختند ( مسيحيان كاذب) سوم اهميت دادن به زندگي دنيوي، چهارم شيفته شدن به مقامات دنيوي و تكيه كردن به متنفذين و قدرتمندان آن زمان. اغلب مسيحيان عقيد ه داشتند كه با زور و قدرت دنيوي و كمك رؤسا و زمامداران و حكمرانان مي توان مسيحيت را پيشرفت داد.
مسيح خود قدرت اين دنيا را رد كرده و پشت پا زده بود حال اينكه صاحب تمامي قدرت و اقتدار بود.
نتيجه اين اشتباهات باعث روحانيت غلط من درآوردي شد و باعث شد كه مسيحيت حقيقي در آسيا ريشه ندواند و از تعدا مسيحيان و نفوذ كليسا روز به روز كاسته شد.